È una delle quattro basiliche palatine della Puglia, insieme alla basilica barese di S.Nicola alla cattedrale di Altamura (Bari) e a quella di Monte S. Angelo (Foggia).
Edificata ??l corso del Cinquecento, quando il feudo di Acquaviva (analogamente a Conversano) fu proprietà dei Duchi di Atri,raccoglie l'eredità romanica e la proietta generosamente nel Rinascimento.
La costruzione della fabbrica fu iniziata nel 1529 da Giovanni Antonio Donato Acquaviva, IX duca di Atri, figlio del più famoso Andrea Matteo III, fu proseguita da suo figlio Giovan Girolamo e terminate nel 1594 dal figlio di quest’ultimo, Alberto. Fu consacrata nel 1823 dall'Arcivescovo di Bari, Ascanio Gesualdo.
Non si sono rinvenute tracce,finora, della chiesa precedente, che la tradizione vuole fondata dai Normanni verso la metà del XII secolo e che era intitolata, come quella attuale, a S. Eustachio, patrono della città : una memoria seicentesca del CapitoIo Palatino, rinvenuta dal Lucarelli nell'Archivio di Stato di Napoli, la definisce “piccola et tenebrosa". Sui primi del Cinquecento, la vecchia fabbrica si trovò in condizioni statiche problematiche“poiché minacciava da varie parti rovina”, tanto da doversene decidere una ricostruzione "?n dalle radici e con ampiezza sufficiente per la cresciuta popolazione” [Lucarelli, 1904].
Più verosimilmente, l’operazione rientrò in un generale quadro di sistemazione urbanistica della ?ittà, che i duchi di Atri lucidamente perseguirono e che nel giro di mezzo secolo vide volgere il vecchio castello normanno in palazzo ducale, cosi come vide l'abbandono di vecchi sistemi difensivi non più attuali (torre ottagona in piazza dei Martiri del 1799). la ricolmatura dell’antico fossato, da cui fu ricavata la Piazza Maggiore, ed anche I’edificazione del Sedile (ora civica Torre dell'orologio) e la costruzione della Porta Maggiore (demolita nel 1876). Il 3 ottobre 1529 il cantiere della nuova cattedrale entrò nella sua fase ufficiale con una solenne cerimonia, presieduta dall' Arciprete Cesare Lambertini, di posa della prima pietra "in presenza di tutto il Clero, del detto III.mo Signor Duca d' Atri, e di tutto il Popolo" [LucarelIi, 1904].
Su quella pietra, ritrovata nei restauri eseguiti fra il 1996 e il 2001, sono raffigurati una croce piantata su un monte‚ in bassorilievo, e il nome del duca Giovanni Antonio (IO.AN.DVX), composto in bellissime lettere capitali incise [Fraccascia,2006; 2009]. L’impianto planimetrico è figlio di celebri fabbriche romaniche, come la cattedrale di Bari, la basilica di S. Nicola (Bari) ? la cattedrale di Bitonto: schema longitudinale a croce latina, coro a gradoni, abside semicircolare contenuta in un profilo rettilineo della parete posteriore.
“L’intercapedine che viene a formarsi tra la parete estradossata dell’abside ? quella rettilinea che la nasconde all'esterno, da spazio impervio e difficile, come in genere nelle chiese romaniche, qui diviene ampio e regolare, con uno splendido parato murario di grandi conci lisci faccia vista” [GeIao,2005].
Pur essendo la fabbrica fiorita in pieno Cinquecento, il transetto, che pure mostra innumerevoli tracce di un consapevole manierismo [Ambrosi, 1989; Liuzzi, 2004]. appare risuonare complessivamente ancora di echi romanici, nel mentre il corpo delle tre navate mostra una considerevole muscolatura rinascimentale, evidente soprattutto nelle due sequenze di tre grandi archi aventi ampiezze differenti. Che convogliano i pesi delle murature, delle volte e delle coperture che gravano su di essi su quattro soli pilastri. Strutture che, a causa della loro consistenza, segnata da sezioni parzialmente resistenti, e a causa della mancanza di contrafforti nella facciata principale, hanno accusato nel tempo segni di affaticamento cui i restauri degli anni '50 e quelli ultimi della ?ne del passato secolo hanno inteso porre rimedio [D'AnseIm0, 2003].
La facciata principale chiude verso Est la fabbrica e la presenta nello spazio della piazza. Già a distanza, osservata dall'ex spianato del castello, essa appare in tutta la sua complessità manierista: vi troviamo qualche residua influenza del Romanico nel protiro, quest’ultimo peraltro denso di ricordi di Roma antica,ed una ripartizione del paramento in lesene ed architravi che, in combinazione con il grande rosone, sembrano evocare, più di ogni altro elemento, le origini : abruzzesi della committenza [Fraccascia, 2006; 2012].
La cripta occupa esattamente l’invaso del transetto. Vi si accede dall' aula ?on due scale in pietra che scendono dalle navate laterali. II suo spazio, più luminoso di quello di precedenti cripte medioevali che conosciamo, è ?operto ?on voltine a crociera sostenute da colonne di marmo bianco recanti inserti di marmo"nero portoro” e "rosso Francia". Vi sono tre altari, due dei quali in lamina di argento, opere di argentieri napoletani fra la ?ne del Cinquecento e la metà del Settecento [Castello, 1981: Pasculli Ferrera, 1983].
L'altare centrale, del Sacramento, ha il paliotto coevo alla fine dei lavori dell’intera fabbrica, uno dei più antichi in argento esistenti. L'altare della Vergine di Costantinopoli, patrona della città, conserva nella ??na un dipinto su tavola attribuito a Nicola Palvisino da Putignano (not. 1521-1528) [D’Elia. 1967-69; Gelao.1988-95].
Il terzo altare delta cripta, dedicato a S. Eustachio. é realizzato in marmo bianco e corredato di tre preziose statue raffiguranti la moglie e i ?gli del Santo [?asculli Ferrara. 1983]. Sul finire del Seicento, così: la fabbrica appariva a Giovanni Battista Pacichelli : "Magnifico è il suo Tempio, servito da numeroso Clero e Dignità, con un vago sotterraneo, ch’espone ben’ornata ta miracolosa Immagine della Gran Signora del Cielo" [Pacichelli,1703]. A metà Ottocento gli interni della chiesa superiore furono riammodernati su progetto dell’architetto bítontíno Luigi Castellucci (1798 - 1877), che progettò anche I'attiguo palazzo vescovile su committenza di mons. Giandomenico Falconi (1810 - 1861), primo prelato nullius nominato con la bolla “Si aliquando” (1848) di Pio IX, la quale riunì "le due Chiese di Acquaviva e Altarnura. «aeque ac principaliter». esenti dalla giurisdizione di ogni Ordinario vescovile, riconoscendo al Re il diritto di nomina e collazione" [Carucci. 1961].
Gli stucchi furono eseguiti dai fratelli Conti di Milano e dai fratelli Iasevoli. Le trasformazioni interne si conclusero nella seconda metà dell’Ottocento con gli stucchi della cripta e con il ridisegno dei due cappelloni nella chiesa superiore, contributi entrambi dell’arch. Sante Simone (1823-1894) di Conversano.
Molti straordinari tesori custodisce questa straordinaria fabbrica, fra i quali tre magnifiche croci patenti incise sul paramento murario interno al di sopra rispettivamente della porta centrale, di quella verso Nord che dava sulla piazzetta S. Giovanni e dell’altra verso Sud. oggi ancora tompagnata; un crocifisso di legno policromo databile fra XV e XVI secolo; vari codici liturgici miniati dello stesso periodo [Chiarulli,2003]; preziose suppellettili di argento, la cui datazione si distribuisce fra il XVI ? il XX secolo e in cui vi spicca per finezza una croce liturgica a doppio fronte, con le immagini del Crocifisso e di S. Eustachio [Liuzzi, 2008].
Sulla controparete di facciata, un raro organo Vegezzi - Bossi del 1905: tremila canne su una coeva maestosa cantoria in acciaio e legno.